Przesyłanie plików JPK_VAT na bramkę Ministerstwa Finansów może odbywać się wyłącznie środkami komunikacji elektronicznej. Stanowi o tym art. 82§1b Ordynacji podatkowej. Jednak po zmianach w strukturze raportu i zastąpieniu poprzedniej wersji, wersją JPK_VAT(2) podatnicy mogą mieć problemy z ich wysyłką lub korektami.

Dzieje się tak dlatego, że obecnie, od 1 lutego bramka MF przyjmuje jedynie drugą wersję struktury. Jeżeli podatnik złożył wcześniej raport w wersji (1), nie będzie mógł skutecznie złożyć korekty za poprzednie okresy na tym samym wzorze. Jedynym sposobem jest składanie raportów JPK_VAT(2), ponieważ tylko do tej wersji struktury możliwe jest składanie ewentualnych korekt. Przy generowaniu i wysyłaniu JPK_VAT(2) trzeba pamiętać, że ta struktura wymaga podania większej ilości danych niż jej poprzedniczka.

Jarosław Oleśniewicz, inspektor kontroli skarbowej w Ministerstwie Finansów w czasie konferencji „Odprawa przed JPK”, zorganizowanej przez Symfonię, zadeklarował, że w resorcie trwają prace nad poprawą sytuacji. Na razie jednak nie wiadomo, kiedy zostanie wprowadzona funkcjonalność umożliwiająca składanie korekt na już nieobowiązujących wariantach raportów JPK.

Minister przypomniał także ogólne zasady raportowania JPK_VAT. Przede wszystkim informacja z tego raportu musi być zgodna z deklaracją VAT. Ponadto dane należy podawać w kwotach wynikających z dowodów źródłowych (w złotych i groszach). Jeżeli podatnik złoży korektę deklaracji VAT, będzie musiał złożyć także korektę raportu JPK_VAT.

Podatnicy powinni także pamiętać, że korekta JPK_VAT jest niezbędna w dwóch przypadkach:

1. gdy nastąpiła zmiana kwoty netto i (lub) VATu
2. gdy popełniono błąd w numerze NIP

Użytkownicy programów linii Symfonia, którzy w 2016 r. wysyłali raporty JPK_VAT, w przypadku konieczności dokonania korekty są w komfortowej sytuacji. Programy z linii Symfonia przechowują komplet danych, zatem złożenie korekty w formacie JPK_VAT(2) nie stanowi problemu.

W przypadku użytkowników innych systemów, prosta konwersja z wersji JPK_VAT(1) do JPK_VAT(2) nie rozwiąże problemu. Trzeba bowiem uzupełnić te brakujące dane, które w nowej wersji są obowiązkowe, aby plik przeszedł walidację technicznej poprawności.

Kolejnym wyzwaniem dla podatników jest kwestia wysyłania danych z różnych źródeł w jednym pliku. Dlatego, aby ułatwić przedsiębiorcom proces raportowania powstał program Symfonia Integrator JPK, który posiada dwie podstawowe funkcje: scalanie plików JPK oraz generowanie plików JPK z różnych źródeł. Ponadto, narzędzie umożliwia wysyłanie scalonych już plików bezpośrednio do Ministerstwa Finansów. Taka sytuacja może mieć miejsce np. gdy podatnik prowadzi kilka działalności objętych jednym rozliczeniem VAT.